La flora y fauna autóctonas son tan variadas como la topografía. A lo largo de la costa del Caribe crecen manglares y cocoteros. Desde el nivel del mar y hasta los 5.000 m, los pisos de vegetación presentan numerosos bosques que ocupan un total de 61 millones de ha (607.280 km², el 58,5% de la superficie total), en los que se encuentran árboles comercialmente aprovechables, como caoba, palosanto, roble, nogal, cedro, pino y algunas variedades de bálsamo. Entre las plantas tropicales se incluyen: hule (caucho), chicle, quina, vainilla, zarzaparrilla, jengibre, goma de copal, ipecacuana, haba tonca y frijol castor. Otras plantas características del país son el frailejón, la oca y la tagua.
Entre los animales salvajes se encuentran los más grandes mamíferos de América del Sur, tales como jaguar, puma, tapir, pecarí, oso hormiguero, cariacú, oso melero, armadillo y varias especies de monos, como el mono chucuto o uacarí. Los lagartos, que tiempo atrás abundaron a lo largo de los principales ríos, se han cazado de manera intensiva, por lo que en la actualidad son muy escasos. En las regiones tropicales habitan muchas variedades de serpientes. Entre las aves más destacadas hay que mencionar el cóndor, buitre, tucán, perico, paujil, cigüeña, tente y colibrí.
Las vastas pluvisilvas de Colombia, que cubren el 58,5% del país, figuran entre las de mayor biodiversidad del mundo. Si bien Colombia sólo ocupa en torno a una décima parte de su vecino Brasil, tiene casi la misma cantidad de especies animales; se piensa que Colombia alberga cerca del 10% de la fauna y flora combinada del mundo e incluye a numerosas especies amenazadas y exóticas. El país lidera el planeta con sus 1.700 especies diferentes de aves. La región de El Chocó es una de las zonas más ricas del planeta por su diversidad botánica. Entre 1990 y 2001, fueron deforestados unos 2 millones de hectáreas; las zonas geográficas críticas son la región Caribe, el piedemonte amazónico y la zona andina. La cobertura forestal ha pasado de 56,3 millones de hectáreas en 1994 a 55,6 millones en 2001.
Colombia preserva el 8,6% (2004) de su territorio como espacios protegidos. No obstante, es muy difícil controlar algunas de estas zonas, debido a la presencia de narcotraficantes. Algunos de los numerosos Parques nacionales naturales son el Amacayacu, Cordillera de los Picachos, Los Nevados, Malpelo, Tamá o Nukak.
Cerca del 3,7% (2003) del territorio tiene cultivos permanentes. El uso excesivo de pesticidas, fertilizantes y otras prácticas agrícolas abusivas, además de la deforestación, han contribuido a la degradación del suelo. Colombia ha ratificado varios tratados internacionales referidos a desarrollo sostenible, cambio climático, especies en peligro de extinción, conservación de la vida marina y gestión forestal.
Fuente: Enciclopedia Encarta 2.007